수입농산물을 가공하여 판매하는 소득이 농업회사법인의 감면소득에 해당되는지 여부

수입농산물을 원료로 하여 가공식품을 제조하여 판매하는 사업에서 발생한 소득은 감면대상 소득에 해당하나, 귀 질의의 사례가 수입농산물 본래의 성질이 변하는 정도의 가공에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

[회신] 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인이 수입농산물을 유통·판매하여 발생한 소득은 「조세특례제한법시행령」제65조 제2항 제3호 단서에 따라 감면대상 소득에서 제외됩니다. 다만, 수입농산물 가공에서 발생한 소득은 감면대상 소득에 해당하나, 귀 질의의 사례가 수입농산물 본래의 성질이 변하는 정도의 가공에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다. 1. 사실관계 ○ 질의인은 수입산(캐나다) 돼지목뼈와 국내산 농산물을 원료로 하여 가공식품(뼈다귀탕)을 제조·판매하는 사업장의 대표로 - 향후 공장건립 및 시설투자 확대 등으로 농업회사법인을 설립 예정임 2. 질의내용 ○ 수입농산물을 가공하여 판매하는 소득이 농업회사법인에 대한 감면소득(50%)에 해당하는 지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ②∼⑥ (생 략) ○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】<제34263호, 2024.02.29. 일부개정> ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다. | 식량작물재배업 외 작물재배업에서 발생하는 소득금액 × {50억원 ×(사업연도 개월 수 ÷12) ÷식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 수입금액} | ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다. 1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조 에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득 2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득 3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항 에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다. ③∼④ (생 략) ⑤ 법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. ⑥∼⑧ (생 략) ○ 구 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】<제33264호, 2023.02.28. 일부개정> ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다. | 식량작물재배업 외 작물재배업에서 발생하는 소득금액 × {50억원 ×(사업연도 개월 수 ÷12) ÷식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 수입금액} | ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다. 1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조 에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득 2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득 3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항 에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득 ③∼⑧ (생 략) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제26조 【농업회사법인 법인세 감면 배제 소득 등】 ① 영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 농업회사법인"이란 출자총액이 80억원을 초과하고 출자총액 중 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제1호 에 따른 농업인 및 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호 에 따른 농업 관련 생산자단체의 출자지분 합계의 비중이 100분의 50 미만인 농업회사법인을 말한다. ② 영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 업종"이란 도ㆍ소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업은 제외한다)을 말한다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제1조 【목적】 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "농업인"이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호 에 따른 농업인을 말한다. 2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. 3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다. 4.∼8. (생 략) ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다. 3. "농업경영체"란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제3호 에 따른 농업경영체를 말한다. 4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다. 5. (생 략) 6. "농수산물"이란 다음 각 목의 것을 말한다. 가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것 나. 수산물: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제1호 가목에 따른 어업활동 및 같은 호 마목에 따른 양식업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것 7.∼11. (생 략) ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조 【농업의 범위】 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다. 1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다) 2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業) 3. (생 략) ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조 【농업인의 기준】 ① 법 제3조제2호에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다. 1. 1천제곱미터 이상의 농지( 「농어촌정비법」 제98조 에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람 2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람 3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람 4. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조제1항 에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람 5. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항 에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람 ②∼③ (생 략) ○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제5조 【농수산물의 범위】 ① 법 제3조제6호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다. ② 법 제3조제6호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제1호 가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 【농어업경영정보의 등록】 ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다. 1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조 에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다) 2. (생 략) ②∼④ (생 략) ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】 ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다. ②∼⑪ (생 략) ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제17조 【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 유형】 ① 농업인 및 농업생산자단체는 법 제19조제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)을 설립할 수 있다. 1. 합명회사 2. 합자회사 2의2. 유한책임회사 3. 주식회사 4. 유한회사 ②∼④ (생 략) ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제18조 【농어업인 등이 아닌 자의 출자한도】 ① 법 제19조제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다. 1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90 2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액 ② (생 략) ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조의4 【농업법인 및 어업법인의 사업범위】 ① 농업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업을 영위할 수 있다. ② 어업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 수산업의 경영, 수산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업을 영위할 수 있다. ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제20조의5 【농업법인 및 어업법인의 사업범위】 ① 법 제19조의4제1항에서 "농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 농업의 경영 2. 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ판매 및 수출 3. 농작업의 대행 4. 농어촌관광휴양사업 5. 「농촌융복합산업 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농촌융복합산업(농촌융복합산업 사업자로서 수행하는 경우만 해당한다) 6. 다음 각 목의 부대 사업 가. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업 나. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업 다. 농산물의 구매 및 비축사업 라. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업 마. 소규모 관개시설(灌漑施設)의 수탁 및 관리사업 바. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영